В 2005 году, по инициативе фонда Круппа и фонда Цайт, двух крупнейших немецких спонсоров гуманитарных исследовательских программ, было принято решение открыть в Москве Германский исторический институт. С 1 января 2009 г. по рекомендации научного совета Германский исторический институт в Москве был переведен на финансирование Фондом Немецких гуманитарных институтов за границей (DGIA), поддерживаемым Министерством образования и науки Германии.

К основным направлениям своей деятельности институт относит исследования в области истории Германии и России, углубление кооперации между российскими и немецкими учеными, координацию и осуществление совместных исследовательских и издательских проектов, поддержку молодых ученых.

Благодаря своей библиотеке, а также оснащенным доступом к интернету рабочим местам, другим техническим возможностям и большому числу организуемых мероприятий Институт планирует стать опорным пунктом для ученых, занимающихся историей Германии и России.

В штате ГИИМ 15 немецких и российских сотрудников. Всемерную поддержку их деятельности оказывает Попечительский совет (председатель Совета – проф. д-р Хельмут Альтрихтер, зам. председателя Совета – академик РАН, проф. д-р А.О. Чубарьян).

Институт входит в структуру Фонда Немецких гуманитарных институтов за границей (DGIA), объединяющего под своей эгидой Германские исторические институты в Лондоне, Париже, Риме, Варшаве и Вашингтоне, Германский форум искусствознания в Париже, а также междисциплинарные исследовательские институты в Бейруте, Стамбуле и Токио.